Kefir verhoogde het aandeel van lactose-afbrekende stammen zoals bifidobacteriën, ruthenibacteriën, weissella en leuconostoc. Een beduidende toename was er ook van Lactococcus lactis, dat is een kefirstam. Verder nam het geslacht blautia toe, bekend als producent van korteketenvetzuren. Ze helpen zo de integriteit van het darmslijmvlies te bewaren.

Een verschil in alfadiversiteit of bètadiversiteit werd niet waargenomen. De onderzoekers konden een 'kernmicrobioom' identificeren, een microbiële gemeenschap dat zich niet laat beïnvloeden door kefir of yoghurt. Integendeel, de onderzoekers denken dat de kernsoorten kunnen profiteren van nieuwkomers, omdat ze hun metabolieten als energiebron kunnen gebruiken. Een stabiel kernmicrobioom verhindert mogelijk de ontwikkeling van dysbiose, die geassocieerd is met de ontwikkeling van chronische ziekten.