Het maag-darmkanaal herbergt een complex microbieel ecosysteem, bestaande uit bacteriën, gisten, schimmels, bacteriofagen en andere virussen, evenals protozoa en archaea. Commensale bacteriën (darmmicrobiota) vervullen samen met hun genen en genproducten, gezamenlijk het darmmicrobioom genoemd, verschillende functies die een grote invloed hebben op de fysiologie van de gastheer zoals het moduleren van de immuunafweer, de hersenfunctie en het reguleren van het metabolisme van de gastheer.